রাদারফোর্ড মডেলের প্রধান সীমাবন্ধতা হচ্ছে। এটি ব্যাখ্যা করতে পারে না-

রাদারফোর্ড তার পরমাণু মডেল প্রস্তাব করার সময় ইলেকট্রনের নিউক্লিয়াসকে কেন্দ্র করে ঘূর্ণনকে সৌরজগতের গ্রহগুলোর সূর্যের চারপাশে ঘূর্ণনের সাথে তুলনা করেছিলেন। কিন্তু ক্লাসিক্যাল তড়িৎচুম্বকীয় তত্ত্ব অনুসারে, একটি আধানযুক্ত কণা (যেমন ইলেকট্রন) যখন বৃত্তাকার পথে ঘোরে, তখন তা শক্তি বিকিরণ করে। শক্তি হারালে ইলেকট্রনের কক্ষপথ ক্রমশ ছোট হতে থাকবে এবং একসময় ইলেকট্রনটি নিউক্লিয়াসে পতিত হবে। এর ফলে পরমাণুর স্থায়িত্ব থাকবে না। কিন্তু বাস্তবে পরমাণু অত্যন্ত স্থিতিশীল। রাদারফোর্ডের মডেল এই পরমাণুর স্থিতিশীলতা ব্যাখ্যা করতে পারেনি, যা তার মডেলের প্রধান সীমাবদ্ধতা।

অন্যান্য অপশনগুলো হলো:

    
• নিউক্লিয়াসে ধনাত্মক আধানের উপস্থিতি: রাদারফোর্ডের মডেলই সর্বপ্রথম নিউক্লিয়াসে ধনাত্মক আধানের উপস্থিতি প্রমাণ করে।
    
• পরমাণুতে ইলেকট্রনের উপস্থিতি: রাদারফোর্ডের মডেল পরমাণুতে ইলেকট্রনের অস্তিত্ব স্বীকার করে এবং তাদের ঘূর্ণনের কথা বলে।
    
• এটি পরমাণুতে শূন্যস্থানের অস্তিত্ব স্বীকার করে না: রাদারফোর্ডের আলফা কণা বিচ্ছুরণ পরীক্ষার মাধ্যমেই প্রমাণিত হয় যে পরমাণুর বেশিরভাগ স্থানই ফাঁকা বা শূন্য।